NetCommons2.0.1.0では、htdocs(index.php)の場所を変更することが多少難しかったのですが、それ以降のバージョンでは簡単になりました。
インストール時に「データベース、およびパス・URLの設定」の「NetCommonsへのURL」を「http://XXXX/htdocs」から「http://XXXX/htdocs」に変更するだけです。既にhtdocs下のままインストールした方も「webapp/config/install.inc.php」の「BASE_URL」（CORE_BASE_URLもhttp:から指定されていれば、そちらも修正）を修正し、install.inc.phpの書き込み権限をはずした後、モジュール管理から一括アップデートすれば動作します（※固定リンクの設定をONにしている場合は、再度、OFF→ONに設定しなおし、.htaccessを作成しなおす必要があります。）。また、htdocsのディレクトリをドキュメントルートに設定する方法がより一般的です。

レンタルサーバーではApacheをFTPユーザーではなく、apacheユーザーで実行している場合があります。
1. htdocs、webapp/templates_c、webapp/uploadsディレクトリの属性（パーミッション）を777にしてください。
2. サーバーにファイルを転送する場合、バイナリで転送しているか確認してください。

DBの照合順序がutf8_general_ciになっていることを確認してください。

FFFTPソフトでは、転送モードはデフォルトは「ファイル名で転送モード切替」になっています。
このモードで転送するとアスキーで転送されるファイルがあります。そのため、正常に動作されません。

必ず、「バイナリ転送モード」に切り替えてサーバーにファイルを転送してください。